根管治疗有后遗症，最常见的是牙体折裂。根管治疗时，需要磨开髓腔，预备根管，切除较多的牙体组织，降低了牙齿的抗力性，有时在根管内放置螺纹钉和桩核，增加了扭力，使牙体组织容易发生折裂。
根管治疗时，切断了牙髓的营养供应，不仅增加了冠根折的风险，还可以使牙体的颜色逐渐发黑、变暗，与邻牙及对照牙产生明显差异，严重影响美观。
根管治疗中，如果未能完全去净细菌及毒素，根尖部持续存在微生物时，有可能形成根尖周囊肿，破坏周围骨质，造成牙齿松动，甚至脱落。