要想判断肺肿瘤是良性的还是恶性的，最重要的方法就是取组织做病理学的检查。
在临床上可以通过CT引导之下，做肺肿瘤的穿刺活检，将活检的组织送病理学的检查，进一步明确诊断，也可以通过支气管镜的检查钳取组织送病理学的检查。对于一部分肺肿瘤的病灶，也可以直接进行外科的手术切除，将手术切除之后的标本送病理学的检查。因为病理学的诊断，一直是诊断肺肿瘤是良性还是恶性的金标准的手段。
如果确认肺肿瘤是恶性的，还需要进一步做头部CT、肝脏的B超或者CT、肾上腺的CT和全身骨ECT的检查，来发现是否有转移病变的存在。