菊粉能够调节胃肠功能，防止便秘，改善肠道环境、促进有益菌增殖。
菊粉服用后能促进有益菌增殖，能抑制病菌的生长和繁殖，对胃肠道的调理也会起到一定的作用，并且能防止慢性的胃部疾病，如胃炎、胃溃疡、急慢性肠炎、腹泻、溃疡性结肠炎、肠易激综合征等胃肠道方面的疾病。
菊粉里面含有水溶性的膳食纤维，能刺激肠道蠕动，使大便变软，加速排出，可减轻毒素在肠道内停留的时间。另外，菊粉在消化道上端不能被消化，会以完整的形式进入到大肠被双歧杆菌利用，能够促进大肠双歧杆菌的生长，抑制大肠内不耐酸的病原微生物滋生，改善肠道的环境。