原发性小血管炎的确切病因及发病机制尚不明确，但是感染、免疫机制、环境因素以及遗传因素在原发性小血管炎的发病中可能发挥重要作用。韦格纳肉芽肿患者虽然任何器官均可受累，但起病初是呼吸道受累，最多见的是鼻窦炎和鼻炎，继而出现中间粒细胞性肺泡炎、肾小球肾炎，提示可能的疾病发展过程。
而鼻炎和鼻窦炎继发感染多为金黄色葡萄球菌。此外，免疫机制也参与原发性小血管炎肾损害的病因。ANCA是一种以中性粒细胞胞质颗粒和单核细胞溶酶体成分为特异抗原的自身抗体。应用间接免疫荧光技术观察酒精固定的中性粒细胞，可以发现ANCA有两种分布形式。抗体在胞质呈均匀分布，即胞质型，其靶抗原为蛋白酶-3。另一种呈环核分布，即核周型，靶抗原为髓过氧化物酶。此外，认为硅颗粒可能也参与韦格纳肉芽肿的发病。另外遗传因素与原发性小血管炎易感性的关也是近年研究热点。