避免肛周脓肿发展成为肛瘘，需要在脓肿手术时就准确地寻找到内口，并且将内口一并切开，就可以预防术后发展成为肛瘘而需要二次手术，这种手术方式称为肛周脓肿一次性根治术。
随着临床医生手术经验的积累以及对肛周脓肿认识的加深，肛周脓肿一次性根治术目前在临床上也比较常用。虽然相比较单纯的肛周脓肿切开引流术，手术创伤偏大，但可以避免术后发展成为肛瘘而需要二次手术。
但对于一些位置非常高的肛周脓肿，可能在手术时由于周围组织的炎性水肿，寻找内口相对会比较困难，也不能一味地追求一次性根治术，以免在手术时副损伤造成假性内口，而增加后期治疗的难度。