支原体感染和肺炎，有明显的区别，两者是不同的概念。
支原体感染是由支原体感染呼吸系统或泌尿系统引起的疾病，肺炎是指肺部发生了炎症反应。支原体感染肺组织时形成支原体肺炎，此时肺炎包括了支原体肺炎，支原体肺炎是肺炎的一种类型。肺炎所涉及的范围则更广，除了由支原体感染以外，还可以见于病毒、细菌、真菌等导致的肺炎。另外，支原体感染除了呼吸系统以外，还可以导致尿路感染而引起相应的临床症状。
此外，治疗上也有一定的区别。支原体感染通常需要选择大环内酯类，或氟喹诺酮类敏感的抗生素治疗，肺炎则需要根据不同的感染致病原，选择相对敏感的抗感染药物对症支持治疗。