不是所有的肝炎都会破坏免疫系统。在肝炎中，自身免疫性肝炎会破坏免疫系统。
自身免疫性肝炎是一种原因不明的慢性肝脏坏死性炎症疾病，会导致机体免疫系统被破坏，产生针对肝脏自身抗原的抗体，导致自身免疫反应，从而破坏肝细胞，造成肝脏炎症坏死，进展为肝硬化。自身免疫性肝炎可以使免疫球蛋白升高，同时也会存在体内高水平的自身免疫抗体，如抗核抗体、抗平滑肌抗体等。如果对其进行肝脏活检，也能证实其肝脏细胞存在免疫性肝炎。
其他的肝炎，如酒精性肝炎、脂肪性肝炎、病毒性肝炎等，则不会对免疫系统造成破坏。