新生儿胃穿孔病因是新生儿先天性发育缺陷引起的，胃壁肌层薄弱或者缺损，在感染、营养不良等诱因的作用下发生的。在胚胎发育过程中，胃壁的肌肉发育障碍肌层缺损，这是胃穿孔发生的最主要原因。
出生以后有可能局部缺血障碍，导致胃黏膜肌层缺损、生长抑素，或者胃泌素增高、胃动力下降、胃的蠕动减弱使胃扩张、胃酸的浓度增高，再加上开奶等因素，会导致胃内压迅速的增高导致胃穿孔。因为这是新生儿期的急腹症，病情比较危重。
一旦孩子出现呕吐，随之精神萎靡、腹胀、呼吸困难、呕血、便血等这些表现。查体出现肠鸣音消失、胸透出现膈下游离气体，确诊胃穿孔要尽早手术治疗。