所有的医疗操作都有发生副作用的可能，全麻也不例外。
首先，在全麻过程中有可能发生各项生命体征如血压和心率的波动。
其次，如果只是单纯地保留自主呼吸的静脉全麻，因为患者处于深睡眠状态，也有可能影响呼吸导致呼吸不畅、二氧化碳蓄积。
如果进行的是需要气管插管的全麻，因为气管插管术操作是有创性的操作，插管时有可能带来对牙齿和口腔黏膜的损伤、勺状软骨脱臼，拔管后有可能会导致敏感患者出现声音嘶哑、喉咙肿痛的可能，以上这些副作用都是短时间的，基本上都是可恢复的。