运动后肩胛骨痛主要是因为运动过程中造成肩胛骨部位的肌肉出现劳损所引起，也可能是在运动时肩胛骨部位受到撞击或外伤而引发的疼痛，可到医院进行相关检查，排除是否存在外伤造成的肌肉损伤或骨折。
如果不存在骨折或肌肉损伤，单纯为肩胛骨疼痛可使用非甾体类消炎镇痛药物予以治疗，利于缓解疼痛。同时可配合外敷止痛膏，也可针对局部进行热敷、针灸、按摩等理疗，也可减轻疼痛。
平时应注意肩胛骨部位保暖，改变不良的姿势习惯，避免长时间低头、久坐。