肛门闭锁与染色体没有关系。
肛门闭锁是先天性消化道畸形，与遗传因素有关系，有家族性发病倾向。孕早期的病毒感染或者接触一些有害的化学物质、环境污染、营养缺乏都是诱发本病的因素。肛门闭锁在胚胎4~8周的时候因为尿生殖隔向泄殖腔移行受阻引起来的，所以在孕早期有过病毒感染的情况更容易引发本病。在出生后24小时之内没有排胎便，继之会出现肠梗阻的表现，腹痛、腹胀、呕吐，严重的还会出现食道闭锁等其他的畸形。
手术治疗为主，如果能得到早期的手术，一般预后比较好，术后注意改善肛门生理功能，训练排便习惯。