金水宝胶囊虽然属于中成药，但也有些许的副作用和不良反应，不过一般症状比较轻微，不良反应也很少。比如有个别患者在服药之后，有可能会出现一些上火症状。如果感觉身体有明显不适的用药患者，需要停药后，咨询医生。
本药物含有一些酸性的物质成分，若是患者空腹或者在饭前服用，有可能会导致肠胃道的一些不适症状，所以本药物一般应在饭后服用为宜。
另外，如果患有慢性疾病，如高血压、肝病、肾病、心脏病、糖尿病，或者孕妇、哺乳期妇女，还有儿童，都需要在医师指导下才能服用金水宝胶囊。