静脉血栓的后遗症取决于静脉血栓的部位和栓子的大小数目，是否脱落。脱落的静脉血栓是否引起肺部血管栓塞等。
单纯表浅部位栓子较小的静脉血栓可无临床症状，也不引起其他后遗症。如果是栓子较大，部位较深的静脉血栓，可引起患肢肿胀、疼痛、色素沉着等。
一旦脱落的栓子随着血流循环运行到肺动脉时，就可形成肺动脉栓塞，使肺动脉栓塞的部位出现咯血、咳嗽、胸痛、胸闷、气促、心悸、呼吸困难等不适。严重的甚至可以发生晕厥、休克危及生命等。