食管炎的患者在治疗时，可以通过修复胃黏膜、抑制胃酸、促进胃肠动力的药物，也可以通过口服中成药物治疗。多数患者出现食管炎是胃内食物的反流，导致黏膜受损所引起炎症性改变。
治疗时可以通过保护胃黏膜的药物治疗，常见的有黏膜保护剂类，如硫糖铝、铝碳酸镁、枸橼酸铋钾，能够防止胃酸对黏膜造成损伤。质子泵抑制剂类抑酸药物，如奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑等。促进胃动力的药物，如莫沙必利、多潘立酮，能够促进食物排空。除此以外，放射性食管炎、感染性食管炎、腐蚀性食管炎，可以选择对症药物治疗。
治疗期间应该避免辛辣刺激的食物、少食多餐、戒烟戒酒，同时还应该减少增加腹内压力的活动，防止食物反流。