结肠瘘可分为结肠内瘘和结肠外瘘两大类：
第一，结肠内瘘。根据内瘘形成部位的不同可分为结肠膀胱瘘、结肠空肠瘘、结肠回肠瘘等。
第二，结肠外瘘。
结肠外瘘有两种分类方法：
第一，按结肠外瘘瘘道形态可分为三种，分别为管状瘘、唇状瘘以及完全瘘。管状瘘是指瘘口与外口之间有瘘管，唇状瘘是指瘘口处长粘膜外翻形似嘴唇状，完全瘘是指肠管全部断裂。
第二，其他分类，包括按瘘管的数量可分为单纯瘘和复杂瘘，按瘘口所处肠道的位置分为高位瘘和低位瘘，按每日瘘口流出的肠液量分为高流量瘘和低流量瘘。