回肠畸形一般考虑可能是由于先天基因等情况造成的，有很多学说说法。
常见的原因是胚胎第5周后，原肠腔内的上皮细胞的迅速增生，使肠腔出现暂时性闭塞以后，闭塞肠腔的上皮细胞又出现许多空泡，使闭塞的肠腔相通，即出现腔化期。如此时出现发育障碍，肠管间出现与消化道并行的间隔，可能形成肠内囊肿型重复畸形。
需要先到医院明确诊断，同时一般可以通过手术等方式处理，可以尽早手术。同时恢复肠道功能，定期的复查，保持大便的通畅，以高蛋白营养为主。