双肾小结石的发生，和多种原因，比如人的种族、饮食习惯、体内代谢异常等有关。
不同的种族，会有不同的生活环境和饮食习惯。有些饮食习惯就有可能导致体内摄入的碳酸钙增多，碳酸钙增多就会导致尿液中碳酸钙的含量增高，容易在双侧的肾脏中形成结晶，进而形成结石。
有些患者发生双肾小结石，和代谢性的疾病有关，比如甲状旁腺功能亢进，可以导致钙的代谢异常，血钙会明显升高，从而导致钙的排泄增多，可以导致双肾小结石。
高尿酸血症会导致尿液中尿酸增多，也可以导致患者出现双肾小结石。双肾小结石的患者，要注意查找病因，平时要注意多饮水、多排尿，防止双肾结石的形成。