导致睾丸肿痛的病因不同，治疗方式也不一样。
如果是感染因素所导致的睾丸肿痛，常见于细菌性的睾丸炎，在确诊以后应使用抗生素药物进行治疗，常用的药物包括左氧氟沙星、阿莫西林等。在治疗的过程中，应禁止性生活多休息，避免剧烈运动，通常在2~3周左右能够治愈。
如果睾丸肿痛为睾丸肿瘤所引起，大多是进行手术切除，术后还需辅助放化疗治疗。可以进行根治术，也可以选择部分切除术，应当根据睾丸肿瘤的严重程度而定。