首先，肛裂形成的主要因素是排便时比较急、过于暴力，腹泻的患者也可常见。
第二，常见于便秘，干硬的粪块把肛管撑裂形成破裂口，形成肛裂、前哨痔、肛乳头肥大，称为肛裂三联症。
而肛瘘大部分是由于肛腺化脓性感染所致，其临床症状多为瘘口反复破溃流脓，最常见的是肛周脓肿，少数患者为结核性感染引起的脓肿。
基于这两种病的发病机理不同，肛裂一般不会变成肛瘘，但是肛裂和肛瘘可以并存一个患者，肛裂的发生位置多见于正前方或者正后方，而肛瘘可以发生任何部位，而且多变、复杂。