上呼吸道感染是由病毒还是细菌感染引起，要具体分析和判断。
对于急性上呼吸道感染的患者，常可以由病毒感染引起，例如由腺病毒、鼻病毒、呼吸道合包病毒、柯萨奇病毒等感染引起的普通病毒性感冒，有时流行性感冒病毒也可引起流感。但细菌性的上呼吸道感染也较常见，例如由细菌感染引起的急性化脓性扁桃体炎、鼻窦炎，部分患者还可以出现细菌和病毒混合感染上呼吸道的情况，此类患者多是由重感冒继发了细菌混合感染而引起。
故对于上呼吸道感染的患者，多需要行血常规、C-反应蛋白检查，来判断其炎性指标的高低，同时结合其临床症状和体检等，来协助诊断其上呼吸道感染的致病原。