羊水穿刺和脐带血穿刺最主要的区别就是穿刺的部位，以及检查的样本不同。
对于进行羊水穿刺的孕妇，主要是将宫腔内的羊水抽出来，检查羊水当中胎儿的染色体情况，这种穿刺相对比较简单，一般是在B超的监测下，用穿刺针进入到宫腔内，将抽出少量羊水送检即可。
而脐带血穿刺也需要在B超监测下进行，这时候穿刺针先要透过子宫进入宫腔，然后找到脐带，将脐带内的血液抽出进行送检，所以这种穿刺更为复杂，而且发生风险的几率会更高。因为脐带血穿刺的过程中，更有可能会损伤到胎盘，甚至可能会损伤到胎儿。