耳真菌病和中耳炎属于两种不同的耳部疾病，其区别主要在于下列几点：
1.发病的位置有所区分。耳真菌病大部分的疾病首发位置在外耳道，而中耳炎的发病位置则在中耳内。
2.造成疾病感染的致病菌种类是不同。耳真菌病感染是由于真菌感染造成，而中耳炎则是由于肺炎球菌，或流感嗜血杆菌等细菌感染所造成的。
3.典型的症状表现不同。耳真菌病典型的症状表现为耳道的瘙痒以及耳朵内的真菌球等。而中耳炎典型的症状表现则是耳道的疼痛、听力的下降以及耳鸣等。