患有真菌性肠炎后，需要先让患者禁食、禁水，静脉补充液体，调整肠道内的环境稳定。同时，进行系统的抗真菌治疗。
真菌性肠炎也会继发于长时间使用抗生素之后所导致的伪膜性肠炎。所以，患者还需要积极的治疗原发性的疾病。避免长时间、大量地使用抗生素，也要监测肠内环境指标的变化情况。
如果并发肠管的坏死、穿孔，甚至出现弥漫性的腹膜炎，应该及时地进行手术治疗，将破裂的肠管进行修补。手术以后，还应该静脉营养支持等对症治疗。真菌性肠炎的患者及时治疗，预后良好。