大部分肠瘘都不需要进行做手术，只有一些比较严重的肠瘘，经过内科药物保守治疗无效，或者是合并急性弥漫性腹膜炎的，才考虑要进行手术治疗。
对于大部分肠瘘患者，一般是选择内科药物保守治疗，可以给予肠外、肠内营养结合。肠内营养主要是患者要使用肠内营养管，并且辅助以抗炎、抑酸、补液、维持水电解质平衡、肠外营养等对症支持治疗。
另外，对于肠瘘还需要使用双导管负压冲洗，并且要进行持续的冲洗。患者除了接受正规的治疗以外，还是要保持愉悦的心情，注意多休息，适当的下床活动等。