阴道囊肿一般是慢性炎症的存在，使巴氏腺管堵塞，分泌物排出不畅导致腺体囊性扩大，形成阴道囊肿。
阴道囊肿又分为上皮包含囊肿和胚胎遗留性囊肿两类，如果阴道囊肿比较小，没有引起任何不适的症状，没有影响到性生活，可以不用处理，但是一般的阴道囊都建议手术治疗，因为囊肿较大时，会使临近器官有压迫症状。
但是阴道囊肿在手术过程中，是需要十分注意的，因为阴道与尿道和膀胱是紧邻器官，在剥离过程中很容易误伤到尿道或膀胱。