目前新冠肺炎核酸检测采集样本主要是采取上呼吸道和下呼吸道的样本进行检测，具体分为咽拭子、肛拭子、鼻拭子以及下呼吸道灌洗液，如支气管肺泡灌洗液、深部痰液等方式，即通过采集咽喉部、鼻咽部、肛门分泌物以及下呼吸道的灌洗液进行核酸检测。
新冠肺炎核酸检测是目前确诊新冠肺炎病毒感染的金标准，可以根据不同的人群选择不同的检测方式，但以咽拭子和鼻拭子的采样方式最为常用。
因为其采样方便，准确率也高，现已经广泛应用于对大众进行新冠肺炎病毒感染的排查工作中。