直肠尿道瘘可以通过以下几方面综合判断确诊：
第一，临床表现，直肠尿道瘘会导致患者出现反复发作的尿路感染，出现尿频、尿急、尿痛，严重的会出现排尿时有粪便排出，会造成泌尿系感染，感染严重的会导致患者出现发热等全身症状。
第二，体格检查，位置偏低的直肠尿道瘘，可以经肛门指诊触及直肠前位的瘘口，有些还可以触及瘘管。
第三，辅助检查，包括局部彩超、腔内超声、瘘管造影、磁共振等等，这些辅助检查可以辅助诊断直肠尿道瘘，其中腔内超声，以及磁共振检查相对比较准确。