肛膜闭锁的治疗方法主要是行手术治疗。肛膜闭锁按闭锁严重程度分为完全性闭锁和不完全性闭锁。
完全性闭锁患儿局部肛门完全堵塞，无法排出粪便，会出现腹胀、腹痛等临床症状，需要急诊行手术治疗。而不完全性闭锁，患儿有可能可以排出少量的粪便，但是仍会表现为不全性的肠梗阻症状，也需要行手术治疗。
手术时需要将肛门肛膜呈十字切开，切除多余的肛膜，再将直肠的粘膜与肛缘周围的皮肤进行间断缝合，术后需要配合扩肛。