部分面部偏侧萎缩可能是因为面部神经受损所引起。但目前该病的病因尚不明确，多考虑可能与神经功能紊乱有关，比如颈交感神经功能紊乱、三叉神经痛等，致使营养功能障碍、血管运动，都可能会引起该病。
也可能与胎儿时期损伤有关，比如怀孕期间，由于某些原因致使胎儿损伤，可能会诱发该病。此外，内分泌功能失调、狼疮性脂膜炎，也可能会诱发该病。
针对上述可能的诱因，应重视做好对该病的预防。如果有内分泌疾病、神经功能紊乱等，应及时就诊，减少和预防该病发生。孕期定期产检，发现异常，及时阻断干预，避免出生后患上面部偏侧萎缩。