扁平苔藓病因不明确，常见病因包括精神因素、免疫异常、内分泌失调、感染因素有关系。如果患者经常熬夜、或处于更年期或经前期紧张或失眠，都是能够引起扁平苔藓，当上述因素改善以后可以得到缓解。
另外如果患者血液循环比较差，或者是血脂比较高，也可能会引起扁平苔藓。目前对扁平苔藓部位的皮损进行检测的时候，有些患者能够发现细菌或病毒感染，这也侧面说明感染因素可以导致扁平苔藓。很多患者用了免疫抑制剂以后好转，能够反映扁平苔藓跟免疫因素相关。