神经性肠紊乱主要是对因、对症治疗。
在出现神经性肠紊乱之后，需要排除是否存在器质性病变。如果只是因为单纯的心理性因素引起，例如精神因素导致，一般口服调理植物神经功能紊乱的药物，同时配合抗抑郁药物，能够有效地调理神经性肠紊乱。
但是，如果目前存在明显的器质性病变，例如肠道病变，一般需要配合口服调理肠道菌群的药物。当存在肠道感染的时候，还需要使用抗生素药物。
另外，平时要养成良好的心理状态，调整不良的心理情绪，否则会影响到神经性肠紊乱的恢复。