肺毛霉菌的临床症状无特征性。其症状的严重性主要取决于感染的严重程度以及有无毛霉菌的播散。
通常情况下，患者可以出现明显的咳嗽和咳痰，痰液也可以为白粘痰，呈粘稠样的，有时可以咳出脓性痰。患者其咯血较为常见，通常为痰中带血，但大咯血的发生率也较高。
此外，患者可以出现不同程度的胸痛，多呈持续性胸部隐痛不适，有时候也要胀痛，患者可以出现胸闷气急的表现，部分患者因继发细菌感染，还可以表现为呼吸困难。另外，肺毛霉菌通常可以出现发热，但多为高热，体温多在38.5度以上。
如果肺毛霉菌出现播散，形成中枢神系统的毛病菌感染，此时患者还可以出现精神神志的改变，并可出现四肢抽搐、乏力、癫痫样发作等。肺毛霉菌其临床症状不典型，通常需要结合其相应的培养、胸部影像学诊断才能判断。