胆囊萎缩可以通过药物治疗和手术治疗。
如果胆囊因为胆囊炎等疾病引起胆囊轻微收缩，但是仍有储存和浓缩胆汁的功能，此时可以选择药物治疗，可以服用一些消炎利胆的药物，例如去氧胆酸片等。
如果胆囊严重萎缩，丧失储存胆汁的能力，此时应该放弃保守治疗，首选胆囊切除手术治疗。不应该再等待胆囊切除的手术指征出现，应该立刻手术，保障患者的生命安全。但萎缩后的胆囊切除术有一定风险和难度，需要手术医师仔细进行。
如果是胆管结石引起的胆囊轻度萎缩，应该及时手术取出结石，之后胆囊也会恢复正常。