治疗尖锐湿疣的外用药物，可以选择咪喹莫特乳膏或者是鬼臼毒素酊，这两种药物具有抗病毒的作用，也有腐蚀局部疣体皮肤的作用，为了避免腐蚀疣体周围的正常皮肤，在疣体的周围可以涂一圈凡士林或者是维生素E霜用来保护。
另外，可以考虑口服一些提高机体免疫力的药物，常见的有匹多莫德颗粒、香菇菌多糖片、多糖蛋白片、转移因子口服液等等。
如果经上述治疗，效果较差，可以考虑前往医院进行物理治疗，如二氧化碳点阵激光、微波灼烧等进行治疗。