支气管扩张咳嗽时，多需根据其具体病情选择相应的药物治疗。如果病情稳定仅是轻度慢性咳嗽，此时不一定要吃药治疗可以观察。
支气管扩张急性加重，例如由细菌感染下呼吸道引起咳嗽时，要口服抗生素消炎治疗，例如口服头孢克肟、头孢地尼、左氧氟沙星等。对于感染程度较严重的患者，需要静脉点滴抗感染药物。有时因咳脓痰量多，或痰液黏稠不易咳出诱发咳嗽时，可以口服祛痰药物，例如福多司坦片、羧甲司坦片等，部分患者可以配合雾化吸入治疗。
咳嗽严重的患者可以口服止咳药物，例如复方甘草片、肺力咳合剂等。但要注意，如果咳脓痰量较多咳嗽明显时，此时要避免吃强力的镇咳药物，以免痰液不易排出而加重肺部感染的程度。