羊水穿刺的主要风险就是引起先兆流产，甚至流产以及感染等。因为羊水穿刺属于有创性操作，虽然有一定的危险系数，但是目前羊水穿刺技术越发成熟，建议到正规的具有产检诊断资质的医院进行操作。
羊水穿刺主要的适应症是高龄，大于三十五岁以上属于高龄，另外NT、唐筛以及无创NDA等检查出现异常者，也需要通过羊水穿刺进一步排查，羊水对于诊断染色体异常的准确率可以达到99%，可想而知羊穿才是诊断染色体异常的金标准。
羊水穿刺的最佳时间在妊娠十八周后，一旦结果异常，根据具体情况必要时及时终止妊娠。