先兆流产手术有风险。近年来一般先兆流产手术都是使用无痛可视人流术，在电脑监控下施行手术，所以导致子宫穿孔的几率大大下降。
一般是做无痛手术，所以人流综合征的发生率降低，一般会在正规医院手术，导致流产手术后宫腔感染的几率降低。但是虽然降低了，如果流产手术以后不注意卫生或者性生活时间太早，都会引起宫腔感染，会导致子宫内膜炎症、子宫内膜粘连，严重的情况下会引起不孕不育。
如果在流产过程当中，由于搔刮过度损伤子宫内膜基底层，也会导致终生不孕不育。