肾盂分离是否严重与引起肾盂分离的原因有关。如果是生理性因素所导致的肾盂分离，主要出现于新生儿群体当中，随着婴幼儿的逐渐发育，可能会自行消退，不会造成任何影响。
如果是病理性因素所导致的肾盂分离，是比较严重的，有可能会引起肾积水，肾积水在加重后可能会对肾实质造成压迫以及损伤，从而引起肾萎缩或者是肾功能降低，长期以往会进展成为肾衰竭，会严重降低患者的生活质量。
因此，对于病理性的肾盂分离，在确诊后应尽早地进行手术治疗，避免引起各种严重并发症。