如果是生理性因素导致的轻度肾盂分离，不超过10mm，一般不需要治疗，需要定期观察。如果是妊娠期妇女，由于增大的子宫压迫输尿管引起的单侧肾盂分离，需要采取健侧卧位，妊娠终止后即可恢复。如果是病理性因素导致的，需要针对病因治疗，积极治疗原发疾病。
引起肾盂分离的原因较多，如果是单侧输尿管结石引起的，可以进行碎石手术治疗解除梗阻，缓解肾盂分离。
如果是结核感染、肿瘤压迫等因素导致的输尿管狭窄，需要放入双J管通畅尿道，解除梗阻后，再治疗原发疾病，需要切除病变部位或进行肾造瘘术治疗。