肠胃炎打新冠疫苗有可能存在影响。接种新冠疫苗时是有一定的禁忌证，对于处于疾病急性期的人员是不建议接种新冠疫苗。
肠胃炎的患者可因细菌感染或吃了不清洁的食物而诱发肠胃炎，此时患者多伴有明显的临床症状，例如恶心、呕吐、腹痛、腹泻、发热等情况，此时再去接种新冠疫苗，有可能会导致疫苗不良反应增加和程度加重。部分患者还可诱发其恶心、腹泻等症状加重、恢复时间也延长。
故一般待肠胃炎得以痊愈以后，再视情况接种新冠疫苗。在接种新冠疫苗前一定要了解有无相关的禁忌证，规范、合理地接种新冠疫苗。