做肛门镜检查，一般是不会感觉到疼痛，主要是肛门镜纳入肛门时，有明显的坠胀不适感。
做肛门镜前，首先应该排空大便，尽量采取膝胸位，手与头部向前伸，肚子尽量紧贴检查床，保持头部低、臀部高的姿势，调节呼吸，肛门尽量的放松，避免形成强大的阻力，在肛门镜纳入肛门的时候产生胀痛不适。
如果既往有肛裂病史，不能做肛门镜，会出现肛门撕裂、出血、疼痛难忍，加重肛裂的可能性，要向医生说明情况，以免引起不必要的风险。