亚急性甲状腺炎选择什么样的治疗方法，主要取决于患者疾病的严重程度。如果是轻型的患者，可能仅有一些甲状腺区疼痛的症状，或者存在一些轻微的高代谢的症状，这种患者可以优先考虑给予非甾体的解热镇痛药。
还有一些患者症状比较重，疼痛症状比较重，还有可以出现全身中毒的感染性症状，比如像发热。对于这种患者，除了可以给予非甾体的解热镇痛药以外，还可以给予激素治疗，激素可以选择口服，也可以选择局部注射，一般是选择地塞米松局部注射。
亚急性甲状腺炎的患者，典型的患者会有甲亢期、甲减期，最后再逐渐过渡到甲状腺功能正常期。对于患者出现的甲亢和甲减，一般是不需要过度处理的。