有多种病因可能会导致包皮里长水疱。如果有不洁的性生活史，被生殖器疱疹病毒感染会出现包皮水疱。这种情况需要抗病毒治疗，同时使用增加免疫力的药物，将病毒的数量抑制到最低，皮肤水疱的情况就不会发作。
有时候过敏也会出现水疱的情况，要摆脱过敏原，同时服用抗过敏的药物。如果是包皮烫伤也会出现水疱，烫伤的时间比较短可以冷敷，同时要预防感染，使用烫伤膏或者是消炎药膏。
如果是包皮龟头炎引起的炎性的小水疱，只需要抗感染治疗，等炎症好转后若包皮过长，可以行包皮环切手术。