巧克力囊肿复发的几率确实相对是比较大一些的。
因为有巧克力囊肿的患者即使是做了巧克力囊肿剥除手术，大多是并不能够很彻底地祛除干净病灶的。只要之后还是有卵巢囊肿，有周期性地分泌雌激素的情况，有的人还是会有复发的情况出现，也常常和先天因素相关，也并不是和手术方式直接有关。
在手术之后用3~6个月的激素类药物，抑制病灶复发是有一定的作用。也有的患者会因此而导致不孕症，也有的患者在以后还是需要进行手术治疗的，一般治疗后放置曼月乐环效果更好。