灰指甲的后果最常见的就是引起脚气。因为其县有传染性，另外也可以引起手癣及体癣，比较罕见的情况就是引起深部真菌病。
灰指甲是由于真菌感染所引起的，而真菌感染通常繁殖能力比较强，又喜欢温暖潮湿的环境，所以通常能够在患者身体内进行自体的繁殖。当一个指甲出现了灰指甲以后，可以慢慢地传染给周围的指甲，也可能会导致局部皮肤出现脱屑、蜕皮、瘙痒等情况，这就是脚气的表现了。
在日常生活不注意卫生，手部接触到灰指甲之后，就可能会进一步感染到手癣，从而出现手部瘙痒、蜕皮的现象。
对于灰指甲的治疗上来讲，就是口服加外用药物，以达到彻底根治的目的。疗程需要三个月，服一周停三周，采取冲击的方案如伊曲康唑胶囊。