灰指甲也称为甲真菌病，用抗真菌药物治疗效果比较好。灰指甲具有一定传染性，属皮肤真菌感染性疾病，需要抗真菌药物治疗，能渗透至甲板治疗的外用药物比较少，通常软膏对灰指甲是无效的。
常用的是盐酸阿莫罗芬甲擦剂，属于一种涂膜剂，适用于远端侧缘的甲癣，所以在排除内服抗真菌治疗的禁忌症外，多以口服药物治疗为主。灰指甲的治疗周期相对其它皮肤真菌病周期较长，手指甲往往需要2到3个疗程，脚趾甲3到4个疗程。
常用的药物有伊曲康唑和特比萘芬，药物需要在医生的指导下使用，研究发现在内服抗真菌药物治疗的2-3月后，新的指甲就会长出来。内服治疗需要定期监测肝肾功能。疗效的好坏与甲癣的分型、患者年龄、指甲生长速度等有一定关系。