临床上肛门疼痛可见于很多疾病，最常见的是肛裂。患者长期便秘或者喜欢进食辛辣食物，久坐、久站，排便时间过长导致。表现为排便时肛门剧烈疼痛，便后典型周期性肛门疼痛，伴随肛门滴血或者手纸染血。
血栓性外痔时外痔肿块明显增大，呈暗紫色，剧烈疼痛。肛周脓肿引起肛门疼痛，伴肛周肿块，局部红、肿、热、痛，急性感染征象，破溃后或者切开引流后，肛门疼痛明显缓解。
直肠黏膜脱垂时，明显的征象是肛门直肠黏膜脱出，伴随肛门疼痛、排便困难、肛门失禁等，故肛门疼痛需要去医院进行相关检查，不一定是得了肛裂。