儿童肥胖症引起的原因是和遗传因素、环境因素，以及肠道的菌群异常、内分泌的调节障碍，都是有着密切的关系。
如果是单纯性的肥胖，很可能跟遗传因素有一定的关系。后天的环境因素是肥胖症产生的最主要的外界因素，包括平时不爱运动或者是食用油腻大的食物，都是直接导致肥胖症出现的主要原因。
肠道的菌群失调会引起酯多糖吸收入血，造成身体出现慢性炎症的状态，进一步会导致肥胖症的产生；内分泌的调节障碍也会造成体内分泌激素的异常，对于肥胖的发生起到了推波助澜的作用，所以肥胖一定是多种因素共同引起。