长时间肛门瘙痒有可能会导致肛门周围皮肤病变，出现肛门周围皮肤增厚、苔藓样变，也会导致肛门周围皲裂、局部感染，甚至肛门周围皮下瘘管形成，还有可能导致肛门闭合不紧引发肛门周围潮湿，甚至轻度的肛门失禁等。
长时间肛门周围瘙痒患者就会不自觉地去搔抓，搔抓之后就有可能会引发患者肛门周围皮肤受损，导致局部出现感染，反复慢性的炎症刺激就会导致局部皮肤增厚、苔藓样改变，而且会反过来加重瘙痒的症状，增加疾病治疗的难度。
另外，长时间肛门瘙痒的患者需要警惕肛周湿疹样癌，必要时需要在肛门局部取活组织行病理切片检查，以排除肛周湿疹样癌。