卵巢巧克力囊肿不是都需要做治疗，比如体积非常小的卵巢巧克力囊肿，并没有造成任何症状出现的情况，一般是不需要做手术治疗，而要密切观察。
尤其是接近绝经期的女性患有卵巢巧克力囊肿，很多时候是可以观察到绝经之后，病灶常常就会随着绝经而逐渐地萎缩，逐渐地消失掉。
接近绝经期的女性患有卵巢巧克力囊肿，如果体积不太大，也有的是可以接受激素类的药物来抑制雌激素的作用、抑制病灶的增殖，比如假绝经治疗。也有的是可以避免手术治疗。